Родился в 1957 году в Брянской области. После срочной службы в армии с отличием окончил Рязанскую высшую школу МВД СССР и 1-ый факультет Академии управления МВД России.

С 1982 по 2006 год занимал различные должности в управлении внутренних дел Псковской области, начиная с должности следователя отдела внутренних дел и заканчивая должностью заместителя начальника управления внутренних дел – начальника милиции общественной безопасности УВД Псковской области. В 2006 году Указом президента Российской Федерации был назначен на должность начальника Управления внутренних дел по Ярославской области, в которой работал до 2010 года.

В органах Следственного комитета Российской Федерации служит с 2010 года. В октябре 2012 года был назначен на должность заместителя руководителя следственного управления СК России по Забайкальскому краю.

Награды:

Орден Почета, медаль Ордена «За заслуги перед Отечеством II степени», медаль «За заслуги в проведении Всероссийской переписи населения», медаль «За отличие», медаль «Ветеран следственных органов», а также медали других взаимодействующих министерств и ведомств.

Награжден знаком «Почетный сотрудник МВД», а также именным оружием: офицерским кортиком и пистолетом ИЖ-79.

10 апреля 2014 года указом президента Российской Федерации №221 Петр Крупеня назначен на должность руководителя следственного управления Следственного комитета Российской Федерации по Курганской области.

30 апреля 2016 года указом президента Российской Федерации №204 Петр Крупеня назначен на 5-летний срок на должность руководителя следственного управления Следственного комитета Российской Федерации по Курганской области.

6 ноября 2018 года указом президента Российской Федерации №635 Петр Крупеня назначен на 5-летний срок на должность руководителя следственного управления Следственного комитета Российской Федерации по Псковской области.